1.機械消毒
一般應用肥皂刷洗，流水沖凈，可消除手上絕大部分甚至全部細菌，使用多層口罩可防止病原體自呼吸道排出或侵入。應用通風裝置過濾器可使手術室、實驗室及隔離病室的空氣，保護無菌狀態。
2.熱力消毒
包括火燒、煮沸、流動蒸氣、高熱蒸氣、干熱滅菌等。能使病原體蛋白凝固變性，失去正常代謝機能。
（1）火燒
凡經濟價值小的污染物，金屬器械和尸體等均可用此法。簡便經濟、效果穩定。
（2）煮沸
耐煮物品及一般金屬器械均用本法，100℃1～2分鐘即完成消毒，但芽胞則須較長時間。炭疽桿菌芽胞須煮沸30分鐘，破傷風芽胞需3小時，肉毒桿菌芽胞需6小時。金屬器械消毒，加1～2%碳酸鈉或0.5%軟肥皂等堿性劑，可溶解脂肪，增強殺菌力。棉織物加1%肥皂水15l/kg，有消毒去污之功效。物品煮沸消毒時，不可超過容積3/4，應浸于水面下。注意留空隙，以利對流。
（3）流動蒸氣消毒
相對濕度80～100%，溫度近100℃，利用水蒸氣在物何等表面凝聚，放出熱能，殺滅病原體。并當蒸氣凝聚收縮產生負壓時，促進外層熱蒸氣進入補充，穿至物品深處，加速熱量，促進消毒。
（4）高壓蒸氣滅菌
通常壓力為98.066kPa，溫度121～126℃，15～20分鐘即能殺滅細菌芽胞，適用于耐熱、潮物品。
（5）干熱滅菌
干熱空氣傳導差，熱容量小，穿透力弱，物體受熱較慢。需160～170℃，1～2小時才能滅菌。適用于不能帶水份的玻璃容器，金屬器械等。不同病原體的熱耐受力，以熱死亡時間表達。
3.輻射消毒
有非電離輻射與電離輻射二種。前者有紫外線，紅外線和微波，后者包括丙種射線的高能電子束（陰極射線）。紅外線和微波主要依靠產熱殺菌。
電離輻射設備昂貴，對物品及人體有一定傷害，故使用較少。目前應用zui多為紫外線，可引起細胞成份、特別是核酸、原漿蛋白和酸發生變化，導致微生物死亡。紫外線波長范圍2100～3280A，殺滅微生物的波長為2000～3000A，以2500～2650A作用zui強。對紫外線耐受力以真菌孢子zui強，細菌芽胞次之，細菌繁殖體zui弱，僅少數例外。紫外線穿透力差，3000A以下者不能透過2mm厚的普通玻璃。空氣中塵埃及相對濕度可降低其殺菌效果。對水的穿透力隨深度和濁度而降低。但因使用方便，對藥品無損傷，故廣泛用于空氣及一般物品表面消毒。照射人體能發生皮膚紅斑，紫外線眼炎和臭氧中毒等。故使用時人應避開或用相應的保護措施。
日光曝曬亦依靠其中的紫外線，但由于大氣層中的散射和吸收使用，僅39%可達地面，故僅適用于耐力低的微生物，且須較長時間曝曬。此外過濾除菌除實驗室應用外，僅換氣的建筑中，可采用空氣過濾，故一般消毒工作難以應用。
